标签: 数据分析软件
Arlequin是一款专业的人类遗传学数据分析软件,通过对统计数据中信息的挖掘,可进行AMOVA计算、中性检验、错配分布等,为从事医学和生物学研究的朋友提供了参考方案,比较遗憾的是软件没有汉化版,使用起来可能稍微有些吃力!
1、Molecular diversity(分子多态性)
2、Mismatch distribution(错配分布)
3、Haplotype frequency estimation(单倍型频率估计)
4、Linkage disequilibrium(连锁不平衡:检测不同位点上等位基因的非随机关联)
5、Hardy-Weinberg equilibrium(哈温—伯格平衡)
6、Tajima`s neutrality test(Tajima中性检验)
7、Fu`s neutrality test(Fu中性检验)
8、Ewens-watterson neutrality test(Ewens-watterson中性检验)
以上三个中性检验都是基于无限位点模型,适用于DNA sequence 和 RFLP单倍型。
9、Chakraborty`s amalgamation test (Chakraborty`s 融合检验,检测人群的均一性或同质性和中性选择等)
10、Minimu Spanning Network(MSN,最小扩张树或称之为最小支撑树,,基于分子差异)
11、AMOVA 分子差异度分析,用以评测人群的遗传结构
12、Pairwise genetic distances (遗传距离的估计)
13、Exact test of population differentiation (检测随机交配群体单倍型的非随机分布)
14、Assignment test of genotype (通过估计等位基因频率将单个基因型分配到特定的人群中)
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